براساس آیین نامه اجرایی مربوط به نوع دفاتر، اسناد و مدارک و روشهای نگهداری آنها ، دلیل تاثیر گذار در رد شدن دفاتر قانونی به شرح زیر می باشد:
- در صورتی که دفاتر ارائه شده به نحوی از پلمپ خارج شده و یا فاقد یک یا چند برگ باشد .
- عدم ثبت یک یا چند فعالیت مالی در دفاتر به شرط احراز
- ثبت تمام یا قسمتی از یک فعالیت در حاشیه
- ثبت تمام یا قسمتی از یک فعالیت بین سطور
- تراشیدن و پاک کردن و محو کردن مندرجات دفاتر به منظور سوء استفاده
- جای سفید گذاشتن بیش از حد معمول در صفحات و سفید ماندن تمام صفحه در دفتر روزنامه و دفتر مشاغل به منظور سوء استفاده
- بستانکار شدن حسابهای نقدی و بانکی ، مگر اینکه حسابهای بانکی با صورت حساب بانک مطابقت نماید و یا بستانکار شدن
- حسابهای بانکی یا نقدی ناشی از تقدم و تاخر ثبت حسابها باشد که در اینصورت موجب رد دفاتر نیست .
- تاخیر تحریر دفاتر روزنامه و مشاغل زاید بر حد مجاز مقرر در تبصره های ۲ و ۳ و ۴ ماده ۱۳ و تاخیر دفتر کل زاید بر حد مجاز مقرردر ماده ۱۴ و تاخیر تحریر زاید بر حد مقرر در ماده ۱۷ این آیین نامه .
- عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکز طبق مقررات ماده ۱۵ این آیین نامه .
- اشتباه حساب حاصل در ثبت عملیات موسسه در صورتیکه نسبت به اصلاح آن طبق مقررات تبصره ماده ۱۱ این آیین نامه اقدام نشده باشد .
- در صورتی که مودیان مالیاتی حسب مورد از اوراق مخصوص موضوع ماده ۱۶۹ قانون مالیات های مستقیم استفاده ننمایند .
- عدم ارائه آیین نامه ها یا دستورالعمل های کار ماشین و برنامه های آن و نحوه کار با نرم افزارهای مالی مورد استفاده و همچنین عدم تسلیم خلاصه عملیات موضوع ماده ۱۷ این آیین نامه در مهلت مقرر در آن ماده در مورد اشخاصی که از سیستم های الکترونیکی استفاده می نمایند .
- عدم ارائه یک یا چند جلد از دفاتر ثبت و پلمپ شده . ( ولو نانویس )
- استفاده از دفاتر ثبت و پلمپ شده سال های قبل ( با توجه به مقررات ماده ۳ این آیین نامه )
- عدم تطبیق مندرجات دفاتر با اطلاعات موجود در سیستم الکترونیکی در مورد اشخاصی که از سیستم های مذکور استفاده می نمایند .
- ثبت هزینه ها و درآمد ها و هر نوع اعمال و اقلام مالی غیر واقع در دفاتر به شرط احراز ( توضیح اینکه ثبت هزینه هایی که وقوع آن محقق بوده اما به دلایل خاص قانونی قابل قبول از حیث مالیاتی نیست و برگشت داده می شود ، به منزله ثبت هزینه های غیر واقعی تلقی نمی شود).
نکته مهم : در مورد بند ۶ این آیین نامه ، چنانچه سفید ماندن جهت ثبت تراز اقتتاحی باشد ، موجب رد دفاتر نخواهد بود و سفید ماندن ذیل صفحات دفتر در آخر هر روز یا هر هفته یا هر ماه به شرطی که اسناد دارای شماره ردیف بوده و قسمت سفید ماند ه با خط بسته شود ، به اعتبار دفتر خللی وارد نمی آورد .